紫外线对我们常见的病毒细菌有效，如流感病毒、螨虫、炭蛆杆菌、大肠杆菌、乙型肝炎病毒、痢疾杆菌等。 此外，研究表明，紫外线对冠状病毒也有一定的影响，如SARS、埃博拉、MERS等。不同的细菌有不同的杀灭时间，但紫外线会伤到眼睛，要避免直视。
紫外线照射大肠杆菌、变形杆菌、金黄色葡萄球菌、白色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌分别需要20min、30min、40min、50min、60min。不同细菌耐紫外线程度不同，照射30min，大肠杆菌、变形杆菌均死亡；照射40min，金黄色葡萄球菌、白色葡萄球菌均死亡；照射60min，枯草芽孢杆菌均死亡。所以如果要达到彻底消灭病菌的目的，紫外线照射时间应大于60min。
紫外线主要是通过对微生物(细菌、病毒、芽孢等病原体) 的辐射损伤和破坏核酸的功能使微生物致死，从而达到消毒的目的。紫外线对核酸的作用可导致键和链的断裂、股间交联和形成光化产物等，从而改变了DNA的生物活性，使微生物自身不能复制，这种紫外线损伤也是致死性损伤。
紫外线消毒是一种物理方法，它不向水中增加任何物质，没有副作用，这是它优于氯化消毒的地方，它通常与其它物质联合使用，常见的联合工艺有UV+H2O2、UV+H2O2+O3、UV+TiO2，这样，消毒效果会更好。
